隨著“百日”行動的展開，對保健品行業的管理將更加嚴格，包括康美藥業在內的多家保健品企業簽署規范經營承諾書，表示將加強自律、規范經營行為。
康美藥業2013年10月18日獲得商務部核發的《中華人民共和國直銷經營許可證》。不過，商務部直銷行業管理網站公開資料顯示，康美藥業被批準的直銷產品只有“康美牌西洋參膠囊”一款，直銷經營區域僅限于廣東。
此前有媒體報道，目前康美藥業在市面上的直銷產品約有20余種，包括食品系列營養屋銀杏三七山楂茶多酚膠囊、津玉袋泡茶、營養屋鐵皮石斛西洋參紅景天膠囊等10余個品種;護膚品參姿倍潤滋養護膚套裝、參姿倍潤滋養面膜等7個品種;家居用品如凈怡佳蓓潔洗潔精、欣煮藝聚能鍋、樂宜+牌空氣凈化器等5個品種，遠超其商務部批準的范圍。在直銷區域上，康美藥業在河南鄭州設有體驗店，并在河北、天津等地有多個工作室，經常舉辦各類活動。報道稱，“康美藥業直銷活動早已遍布全國”。
除直銷經營區域受到質疑，康美藥業在銷售業績的制度方面，也被指團隊計酬有傳銷嫌疑。據公開資料，康美藥業的獎金制度，分為市場培育獎(可拿網絡下面10層)、銷售業績獎(可拿小區業績10%，不分層)、感恩互助獎(享受上一代業績獎5%、下兩代10%)、組織管理獎、全球分紅等。各種獎項均涉及層級業績，以層級業績為基數的百分比獲利。
依據《直銷管理條例》規定：直銷產品的范圍由國務院商務主管部門會同國務院工商行政管理部門，根據直銷業的發展狀況和消費者的需求確定、公布;直銷企業未獲批準，在未經審核公布的地區不得開展直銷業務。同時，國家《禁止傳銷條例》明確，“組織者或者經營者發展人員，通過對被發展人員以其直接或者間接發展的人員數量或者銷售業績為依據計算和給付報酬，或者要求被發展人員以交納一定費用為條件取得加入資格等方式牟取非法利益”。
中國網財經記者就直銷業務相關問題向康美藥業發去采訪函，但截至發稿未得到任何回復。
在直銷模式飽受質疑的同時，康美藥業也屢次被檢查出產品不合格。統計數據顯示，2017年，國家食品藥品監督管理總局一共公布了22份不合格中藥飲片名單，涉及362家企業的793批次產品。康美藥業被查有6批次產品不合格，主要涉及菊花、人參等品類。針對上述批次產品不合格一事，康美藥業回應稱造成抽檢不合格主要原因為檢驗標準依據不同。
康美藥業在回應中表示，在菊花的檢測中，抽檢結果依據的檢測標準為《中國藥典》中菊花性狀指標為盛開時采摘的菊花，而該公司的菊花檢驗標準為胎菊，花蕾期采摘的菊花，是同一植物，并且“花蕾期胎菊是杭白菊中最上品的一種，民間認同度高，其中各項內在含量均比開放的菊花更高，質量更佳。”
但根據抽檢的專家的意見，此次菊花性狀問題涉及的不僅僅是沒有按照中國藥典規定進行采收。不按時采收，而通過硫磺過度熏蒸‘打扮’中藥材及飲片是另一原因。菊花在加工過程中使用硫磺過度熏蒸導致氣味發生根本性變化，不再具有菊花應有的清香氣味。通過測定二氧化硫殘留量，進一步證實了這些樣品確系采用硫磺熏蒸處理過。
除涉嫌傳銷、產品質量等問題，2018年最后一個交易日證監會的一則公告，則可能掀開康美藥業更深的危機。這則公告稱康美藥業涉嫌信披違規被立案調查，此前，康美藥業已陷入“財務造假”的旋渦，被立案調查后，康美藥業股價持續暴跌，至2月才企穩。
